Αρκετή σκόνη σήκωσε η τροπολογία που υπάρχει στο νομοσχέδιο για τα ΑΕΙ, σχετικά με την πρόσληψη ιερωμένων. 

Η κυβέρνηση, από την πλευρά της, υποστηρίζει ότι λύνει θέμα δεκαετιών, καθώς με τον αναγκαστικό νόμο (α.ν.) 536/1945 συστάθηκαν 6.000 θέσεις Εφημερίων. Επί 77 έτη ο αριθμός αυτός δεν άλλαξε και δεν προσαρμόστηκε στα νέα πληθυσμιακά δεδομένα. Συγχρόνως, η Εκκλησία μέχρι το 2010 μπορούσε να προσλαμβάνει όσους Κληρικούς ήθελε, όποτε ήθελε, ανεξάρτητα από τον αριθμό οργανικών θέσεων. Μετά το 2010 η Εκκλησία μπορούσε να προσλαμβάνει συγκεκριμένο αριθμό Κληρικών, τον οποίο αποφάσιζε το Υπουργείο Εσωτερικών - χωρίς όμως η απόφαση αυτή να συνδέεται με τον αριθμό οργανικών θέσεων του α.ν. 536/1945. Με τις νέες ρυθμίσεις, αυτό αλλάζει, καθώς ως σήμερα η μεν Εκκλησία της Ελλάδος διέθετε οργανικές θέσεις -που, φυσικά, πληρώνονται από το Δημόσιο- ενώ, για παράδειγμα η Εκκλησία της Κρήτης δεν διέθετε -αλλά πάλι οι μισθοί των ιερωμένων βάραιναν το Δημόσιο...

Το Υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων θεωρεί ότι οι ρυθμίσεις που αφορούν στις οργανικές θέσεις κληρικών, έχουν στόχο τον εξορθολογισμό των σχέσεων Πολιτείας και Εκκλησίας, στο πλαίσιο των διακριτών τους ρόλων, ως προς την πρόσληψη Κληρικών.

Υπογραμμίζει ότι για πρώτη φορά η Πολιτεία «κλειδώνει» το δυνητικό αριθμό μισθοδοτούμενων από τον κρατικό προϋπολογισμό Ιερέων κι ότι η μεταβολή του αριθμού των Μητροπόλεων ή των ενοριών ή των ορίων τους δεν θα δημιουργεί καμία υποχρέωση και δεν θα συνεπάγεται καμία σύσταση οργανικής θέσης Κληρικού.

Επισημαίνει ότι οι προσλήψεις Κληρικών εντάσσονται ρητά στην διαδικασία που προβλέπει ο νόμος για τον ετήσιο προγραμματισμό ανθρώπινου δυναμικού της δημόσιας διοίκησης, ενώ για πρώτη φορά ρυθμίζεται η δυνατότητα της Εκκλησίας να προσλαμβάνει Κληρικούς που θα πληρώνει η ίδια και δεν γεννά καμία υποχρέωση ή ευθύνη του Δημοσίου.

Όσο για τον όρο «μόνιμες οργανικές θέσεις» διευκρινίζει ότι αφορά μόνο όσες συστήνονται με νόμο, ενώ ταυτόχρονα εισάγεται έσύστημα διοικητικών κυρώσεων για τους Κληρικούς που κατέχουν οργανική θέση και στους οποίους ασκείται ποινική δίωξη για κακουργήματα ή για συγκεκριμένα αδικήματα -κάτι που, ως τώρα, δεν υπήρχε.