Έντονη ήταν η αντίδραση του πρώην υπουργού Βόρειας Ελλάδας, Νικολάου Μάρτη. Χαρακτήρισε «μέγα σφάλμα» την κατάργηση του υπουργείου Μακεδονίας Θράκης. Μάλιστα, είπε ότι, το σφάλμα αυτό, «θα έχει οδυνηρό αντίκτυπο στα ανοιχτά εθνικά προβλήματα που αφορούν τη Μακεδονία και τη Θράκη».
Για τον κ. Μάρτη, το υπουργείο έπαιζε σημαντικό ρόλο στο να τονώνει το εθνικό φρόνιμα των πολιτών-κατοίκων της Μακεδονίας και της Θράκης «Επιπλέον ήταν ο ‘διαμεσολαβητής’ των κατοίκων της βόρειας μεθορίου με την κεντρική εξουσία», πρόσθεσε ο πρώην υπουργός Βορείου Ελλάδος.