Με τον μητροπολίτη Θεσσαλονίκης, Άνθιμο, συναντήθηκε το μεσημέρι της Τετάρτης 2 Δεκεμβρίου 2009, στο γραφείο της, η υφυπουργός Εσωτερικών, Αποκέντρωσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, Θεοδώρα Τζάκρη. Μετά τα εθιμοτυπικά συγχαρητήρια για την ανάληψη των καθηκόντων της, ο Παναγιότατος ζήτησε από την υφυπουργό στήριξη για τους τρεις υπό ανέγερση ναούς της μητρόπολης, ενώ της έθεσε και θέματα που αφορούν το Παπάφειο Ίδρυμα.
Η κ. Τζάκρη δεσμεύτηκε για την υλοποίηση της υπεσχημένης από την προηγούμενη ηγεσία του πρώην υπουργείου Μακεδονίας - Θράκης χρηματοδότησης και για τη συνέχισή της στο μέλλον. Εξέφρασε επίσης την ικανοποίησή της για τη συναίνεση που επέδειξε η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος στα θέματα των κρατικών αυτοκινήτων που έχουν παραχωρηθεί στις μητροπόλεις και για τα θέματα υπαγωγής στο ΑΣΕΠ των προσλήψεων των λαϊκών υπαλλήλων τους. Μάλιστα, ο μητροπολίτης συμπλήρωσε πως «στο πλαίσιο της κοινής επιτροπής που συστάθηκε για το λόγο αυτό, θα εξεταστεί το ζήτημα της φορολόγησης της εκκλησιαστικής περιουσίας».
Όσον αφορά τα φλογερά κηρύγματα του Παναγιώτατου για το θέμα της ονομασίας των Σκοπίων, η κ. Τζάκρη ξεκαθάρισε ότι «αρμόδιο είναι το Υπουργείο Εξωτερικών», προσθέτοντας ότι «είναι γνωστή η άποψη της κυβέρνησης για τις ``κόκκινες γραμμές`` και ότι το θέμα δεν αποτελεί αντικείμενο της παραμικρής διαπραγμάτευσης».