Σημαντικές αλλαγές στον τρόπο διοίκησης της Εκκλησίας, πρότεινε ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος. Κατά την εναρκτήρια ομιλία του στην Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας, το μεσημέρι της Δευτέρας 12 Οκτωβρίου 2009, ζήτησε επανευαγγελισμό της ελληνικής κοινωνίας επειδή, όπως είπε, έχει προχωρήσει η αποχριστιανοποίησή της, και πρότεινε επανεξέταση του τρόπου διοίκησης της εκκλησίας.
«Είναι εμφανής πλέον και στην χώρα μας η τάσις και η επιδίωξις ορισμένων κύκλων για αποχριστιανοποίηση της ελληνικής κοινωνίας και η αποξένωσις αυτής απο τις γνήσιες παραδόσεις της. Οι απέναντι μας δεν είναι πλέον έξω και μακρυά μας. Είναι εντός των τειχών μας. Έτσι ο επανευαγγελισμός του λαού μας γίνεται προτεραιότης. Θα ήταν αδικία αν δεν υποστηρίζαμε ότι πολλά έγιναν και γίνονται στον τομέα αυτό. Είναι όμως ανάγκη να γίνουν περισσότερα και μεθοδικότερα», τόνισε ο Αρχιεπίσκοπος ΑΘηνών και πάσης Ελλάδος.
Για το θέμα της εκλογής αρχιερέων, πρότεινε: «Η εκκλησιαστική μας πραγματικότητα, έχει δείξει ότι πρέπει να επανεξετάσουμε τον τρόπον διοργανώσεως και διοικήσεως των εκκλησιαστικών μας πραγμάτων, με γνώμονα πάντοτε τους ιερούς κανόνες, την γνήσια παράδοσή μας, τις εμπειρίες μας και τις κείμενες διατάξεις “δίχα έξωθεν επεμβάσεων”. Πρέπει μέσα στο πνεύμα αυτό να τολμήσουμε διαρθρωτικές αλλαγές που έχει καταστεί αναγκαίες. Καιρός να μελετηθεί μετά πολλής προσοχής, συνέσεως και διακρίσεως η αλλαγή προς το καλύτερο του τρόπου εκλογής αρχιερέων». Όπως είπε, η σχετική η εισήγηση του μητροπολίτη Ναυπάκτου Ιερόθεου θα δώσει υλικό «πάνω στο οποίο μπορούμε να οικοδομήσουμε».
Ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος αναφέρθηκε και στο θέμα της εκκλησιαστικής περιουσίας, το οποίο όπως παρατήρησε, «έχει καταντήσει ένα προσφιλές θέμα για λαϊκισμό, προπαγάνδα και σκοπιμότητες. Για το θέμα αυτό θα κάνει λόγο η ταπεινότης μου που θα αναφερθεί στην Ιστορία του και θα θέσει μια καινούργια προσωπική άποψη».
Στο ίδιο θέμα θα αναφερθεί ο μητροπολίτης Ιωαννίνων Θεόκλητος με εισήγηση του που έχει θέμα: Η σημερινή κατάσταση της Εκκλησιαστικής Περιουσίας.
Το ζήτημα της αποτέφρωσης των νεκρών θα απασχολήσει τους ιεράρχες, με αφορμή την εισήγηση του μητροπολίτη Μεσογαίας Νικόλαου. «Η εισήγηση αυτή», σημείωσε ο κ. Ιερώνυμος, «θα μας φέρει ενώπιον μιας νέας πραγματικότητος και θα συζητήσουμε το πλήθος των νέων προβλημάτων που αναφύονται στην κοινωνία μας απο την διακίνησιν ιδεών και τού πλήθους των ανθρώπων απο τόπου εις τόπον».
Ο Αρχιεπίσκοπος πρότεινε να συνεδριάζει δύο φορές το χρόνο η Ιεραρχία, αντί μιας κάθε Οκτώβριο, με τη δεύτερη συνεδρίασή της να γίνεται κάθε Μάρτιο.